Am Hohner-Konservatorium unterrichtet Johannes Baumann die Fächer Leitung von Akkordeonorchestern und Werkanalyse. In diesem Zusammenhang steht auch das Hohner-Orchester 1927 für die Dirigentenausbildung des Konservatoriums zur Verfügung.
Er ist ein vielgefragter Dozent und Juror und leitet in der Nachfolge von Karl Perenthaler das Hohner-Orchesters Trossingen 1927 e.V.
Johannes Baumann ist gern gesehener Dirigent bei Auswahlorchestern, wie dem Projektorchester Breisgau, dem Orchester der Kreisvereinigung FDS-Rottweil sowie dem Landesjugendorchester Baden-Württemberg.
Auch als Juror ist er seit 1985 in nationalen und internationalen Musikwettbewerben tätig. 2013 übernahm er den Vorsitz der Höchststufen-Jury beim World Music Festival in Innsbruck. Er ist Mitglied im Musikbeirat des DHV, Mitglied des erweiterten Präsidiums des DHV und seit 2000 Landesdirigent des DHV Landesverbandes Baden-Württemberg. Hier ist er in der Organisation von Wettbewerben und in der Dirigenten- und Jurorenschulung tätig.